Kluivert melakukan debut untuk pasukan kebangsaan Belanda pada 16 November 1994 menentang Republik Czech dalam perlawanan kelayakan Euro 1996. Beliau menjaringkan gol antarabangsa pertamanya pada perlawanan keduanya untuk Belanda pada 29 Mac 1995. Beliau menggantikan Ronald de Boer pada minit ke-77 dan tujuh minit kemudian, beliau menyumbat jaringan pertamanya menentang Malta.

Kluivert banyak terlepas aksi UEFA Euro 1996 akibat mengalami kecederaan lutut. Pada perlawanan terakhir pusingan kumpulan, beliau menjaringkan gol hasil hantaran Dennis Bergkamp ketika menentang England sekali gus membolehkan Belanda mendapatkan tempat di pusingan kalah mati menerusi perbezaan gol dengan Scotland. Walau bagaimanapun, mereka tewas pada penentuan penalti kepada Perancis.

Dalam saingan Piala Dunia 1998, Kluivert dibuang padang pada perlawanan menentang Belgium oleh pengadil perlawanan, Pierluigi Collina selepas menyiku Lorenzo Staelens. Beliau seterusnya membetulkan kesalahannya apabila dipilih untuk beraksi menentang Argentina pada peringkat suku akhir dan menyaksikan Kluivert menjaringkan gol pembukaan perlawanan. Beliau turut menjaringkan gol penyamaan pada lewat perlawanan sewaktu menentang Brazil pada peringkat separuh akhir namun perlawanan berkesudahan Belanda tewas menerusi penentuan penalti.

Kejohanan Euro 2000 menjadikan Kluivert tonggak utama Belanda selaku tuan rumah. Beliau menyumbat hatrik pada peringkat suku akhir menentang Yugoslavia. Beliau asalnya menjaringkan empat gol tetapi gol ketiganya tidak dikira gol sendiri oleh pemain Yugoslavia, Dejan Govedarica selepas Kluivert mengakui tidak menerima sentuhan hasil hantaran lintang Paul Bosvelt. Perlawanan berkesudahan Belanda menang besar 6-1. Pada perlawanan seterusnya menentang Itali, Kluivert gagal memanfaatkan dua peluang terbaik dari kotak penalti. Kluivert turut gagal menyempurnakan penaltinya pada tengah perlawanan walaupun beliau berjaya menyudahkannya pada penentuan penalti. Walaupun laluan Belanda tersekat di separuh akhir, Kluivert menerima anugerah Kasut Emas bersama Savo Milošević.

Selepas kejohanan UEFA Euro 2004, beliau tidak dipanggil ke skuad Piala Dunia 2006 oleh jurulatih Marco van Basten. Kluivert turut tidak beraksi pada perlawanan kelayakan Piala Dunia. Hal ini kerana kecederaan dialaminya menghalang beliau bermain untuk kelab ketika musim 2005-06. Kluivert menjadi penjaring terbanyak pasukan kebangsaan Belanda dengan 40 gol sebelum rekod itu dikejutkan Robin van Persie pada 2013.

Statistik

Gol antarabangsa